A császári hadsereg a protestánsok üldözésébe kezdett Erdélyben. Bocskai István tiltakozott Basta tábornok intézkedései ellen, ezért 1602-ben pert indítottak ellene és Prágába száműzték, ahonnan csak két múlva térhetett vissza. A lakosság elkeseredését tapasztalva – Bethlen Gábor bíztatására – Habsburg-ellenes felkelést szervezett. 1604. október 14-15-e éjjelén az ellene küldött osztrák seregben szolgáló hajdúk átálltak Bocskai oldalára, így Álmosd és Diószeg között közös erővel győzelmet arattak. Ezzel vette kezdetét a Bocskai-szabadságharc, amelyhez a hajdúkon kívül jobbágyok, később a városi polgárság, a köznemesség és a főnemesség egy része is csatlakozott.

Bocskai Istvánt 1605 februárjában Erdély, két hónappal később pedig Magyarország fejedelmévé választották. A felkelők ugyanennek az évnek a nyarára meghódították a királyi Magyarország döntő részét és székely támogatással Erdélyt is.

Bocskai a győzelmei ellenére arra törekedett, hogy mielőbb megegyezzen Rudolf királlyal. Ennek eredményeként kötötték meg 1606. június 23-án a bécsi békét. Az egyezség biztosította a magyarok számára a vallásszabadságot és a rendi jogokat. A Habsburgok elismerték Erdély függetlenségét és számos területet – köztük Tokajt, Ung-, Szatmár-, és Bereg-megyét is – a Fejedelemséghez csatoltak.

Bocskai István szobrát Holló Barnabás készítette.